澎湖分場掌理事項如下：
一、澎湖地區農作物品種之改良及推廣。
二、澎湖地區農作物栽培管理技術之研發及推廣。
三、澎湖地區農業氣象資訊之蒐集及應用。
四、其他有關轄區農業改良事項。