作物改良科掌理事項如下：
一、區域性農作物品種改良、良種繁殖與保育之研發、示範及推廣。
二、區域性農作物栽培管理、優質安全生產體系、採後處理與加工技術之研發、示範及推廣。
三、區域性農作物天然災害之防減災與復育技術之研發、示範及推廣。
四、區域性農業遺傳資源之蒐集、鑑定、保存及應用研究。
五、生物技術於區域性農作物繁殖與輔助育種之研發、示範及推廣。
六、其他有關區域性作物改良事項。