各檢疫站掌理轄區內事項如下：
一、輸出入動植物檢疫物之檢疫。
二、輸出入動植物檢疫物檢疫違規及申訴案件之處理。
三、輸出入動植物檢疫案件之受理、發證及收費。
四、畜禽屠宰衛生檢查與屠宰場之管理及督導。
五、其他有關轄區內動植物健康及肉品檢查事項。