秘書室掌理事項如下：
一、研考、文書、檔案、印信典守、出納、採購、事務、財產、辦公廳舍、工友管理及公關業務。
二、動植物檢疫案件之受理登錄與相關文件之製發及管理。
三、檢疫與檢查規費之核計及收繳。
四、不屬其他各科、室、站事項。