動物健康科掌理事項如下：
一、輸出入動物檢疫之執行與動物檢疫相關文件之簽署及查核。
二、輸出入動物檢疫技術之研發與檢疫相關設施之查核及管理。
三、輸出入動物檢疫物檢疫違規及申訴案件之處理。
四、動物疫情資料之調查及應變處理。
五、動物用藥品製造、販賣及使用之查核監督。
六、其他有關動物健康事項。