肉品檢查科掌理事項如下：
一、屠宰場登記、屠宰衛生檢查、屠宰場作業與屠宰場設施設備查核之管理及輔導。
二、畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發及查核。
三、違法屠宰行為取締之查核；畜禽屠宰管理違規及申訴案件之處理。
四、外銷肉品生產場所之查核。
五、肉品市場、屠宰場及化製場生物安全查核之監督。
六、其他有關肉品檢查事項。