治理工程科掌理事項如下：
一、集水區水土保持與治山防災工程、配合天然災害災後復原重建審議之勘查及規劃。
二、集水區水土保持與治山防災工程之勘查、設計及執行。
三、土石流與大規模崩塌防治處理之勘查、設計及執行。
四、水土保持工程構造物維護管理之推動及執行。
五、工程環境友善與減碳增匯措施之推動及執行。
六、工程品質稽查、職業安全衛生事項之推動及執行。
七、工務處理事項之推動及執行。
八、其他有關治理工程事項。