自然保育科掌理事項如下：
一、陸域生物多樣性保育政策之推動及宣導。
二、自然保護區域、陸域自然地景、自然紀念物之經營管理及保育工作之推動。
三、國土生態綠網、社區與部落保育、友善生產及其他棲地保育政策之輔導及推動。
四、野生動物獵捕區、垂釣區劃定及原住民傳統文化祭儀所需獵捕野生動物申請案件之督導。
五、原住民森林資源共管與狩獵自主管理之推動；獵捕野生動物方法與工具之規範及管理。
六、自然資源調查、特定外來入侵種防除之執行。
七、野生動物危及公共安全、危害農林漁牧作業、傳播疾病、妨礙航空安全之防治及處理。
八、陸域野生動物之救援與其醫療及收容；無主或沒入野生動物及其產製品之處理。
九、地方政府執行自然保育工作之督導。
十、其他有關自然保育事項。