集水區治理科掌理事項如下：
一、國有林治理復育與林道改善維護之調查、規劃及計畫之擬訂。
二、國有林治理復育、林道改善與辦公廳舍新建等工程勘測之設計及執行；林道維護管理之執行。
三、國有林大規模崩塌、堰塞湖等土砂災害之監測、風險評估、防災整備、演練、預警發布及應變處置工作之執行。
四、國有林土砂災害勘查、災害緊急搶修及災害復建工作之執行。
五、工程生態友善機制之擬訂及執行。
六、其他有關集水區治理事項。