本署設下列組、室：
一、企劃組，分四科辦事。
二、沿近海漁業組，分四科辦事。
三、遠洋漁業組，分五科辦事。
四、養殖漁業組，分四科辦事。
五、漁業人力組，分三科辦事。
六、漁業建設組，分三科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。