沿近海漁業組掌理事項如下：
一、沿近海漁業政策與沿近海漁業資源保育政策之規劃、研擬、管理及監督。
二、沿近海漁獲資料蒐集與查核之推動及督導。
三、漁場環境之保護、管理及督導。
四、沿近海海域漁業權利用之規劃、推動及督導。
五、沿近海特定漁業經營許可與漁船作業動態之管理及督導。
六、漁船用油、漁船保險與休漁獎勵政策之規劃、推動及督導。
七、娛樂漁業政策之規劃、研擬、管理及督導。
八、兩岸漁業交流業務之規劃及推動。
九、其他有關沿近海漁業事項。