本署設下列組、室：
一、農村規劃組，分四科辦事。
二、農村建設組，分三科辦事。
三、產業發展及休閒組，分三科辦事。
四、保育治理組，分三科辦事。
五、坡地管理組，分三科辦事。
六、減災監測組，分四科辦事。
七、秘書室，分三科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。