本所設下列組、室、中心：
一、作物組。
二、遺傳資源及生物技術組。
三、農業化學組。
四、植物病理組。
五、應用動物組。
六、農業工程組。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、農業技術轉譯中心。
十二、產業發展服務中心。