應用動物組掌理事項如下：
一、昆蟲與類分類、植物檢疫防疫與農業長期生態系等涉及昆蟲與類之診斷、鑑定及標本保存應用等領域之相關研究事項。
二、農業害蟲之偵察監測（含誘引）、生理生化、生態及害蟲整合防治資材或技術開發及應用等研究。
三、農業害蟲天敵及其他有益生物之利用、應用、評估及非農藥防治製劑之開發及應用等相關研究。
四、農業養殖動物與寵物之動物飼料替代蛋白之研究及產業應用。
五、農藥應用及藥劑殘留快速檢驗技術之研究。
六、其他有關農業有害動物研究事項。