澎湖漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、澎湖漁業生態及資源調查之研究。
二、澎湖經濟水產生物之繁養殖、棲地保種及復育研究。
三、澎湖經濟水產生物遺傳資源之蒐集及種原保存。
四、澎湖經濟水產生物之種原培育及繁養殖技術之研發。
五、澎湖觀賞水族繁養殖技術之研發及澎湖水族館之經營管理。
六、其他有關澎湖漁業生物研究事項。