水產加工組掌理事項如下：
一、水產品加工改質及保鮮利用之研究。
二、水產品保健功效評估、機能性新素材萃取技術及產品開發之研究。
三、水產品品質、衛生與安全之研究及相關檢驗服務。
四、水產資源循環再利用技術之研發。
五、水產品低溫冷鏈及品質之研究。
六、其他有關水產加工研究事項。