本所設下列組、室、中心：
一、野生動物組。
二、野生植物組。
三、生態系經營組。
四、資源管理組。
五、保育推廣組。
六、秘書室。
七、人事室。
八、主計室。
九、烏石坑研究中心。
十、藤枝研究中心。
十一、合歡山研究中心。
十二、七股研究中心。