生態系經營組掌理事項如下：
一、國家生物多樣性指標建構、資訊匯集及分析之研究。
二、重要、脆弱棲地與生態系分布及監測之研究。
三、生態系功能、結構、運作機制及服務功能評估之研究。
四、生態系熱點、保護區系統規劃及因應氣候變遷調適策略之研究。
五、農業、特殊與劣化生態系調查、改善及復育之研究。
六、對生物多樣性有重大影響特殊案件之調查、監測及評析。
七、其他有關生態系經營之研究事項。