恆春研究中心掌理事項如下：
一、所轄試驗林人工林與天然林之經營管理及研究。
二、臺灣熱帶植物種原之保種及試驗研究。
三、熱帶原生珍稀植物之苗木培育及育林技術之研究。
四、墾丁高位珊瑚礁自然保留區之管理維護及研究。
五、所轄試驗林之林產物處分及林地管理。
六、其他有關恆春試驗林研究事項。