六龜研究中心掌理事項如下：
一、所轄試驗林人工林與天然林之經營管理及研究。
二、經濟性人工林之育種及育林研究。
三、扇平森林生態科學園之經營管理、環境教育解說及推廣。
四、重要樹種育種、育苗、育林技術之研究及推廣；重要植物種質之保存及展示。
五、森林高經濟副產物之培育、經營管理及研究。
六、水土保持與崩塌地復育技術之研究及推廣。
七、所轄試驗林之林產物處分及林地管理。
八、其他有關六龜試驗林研究事項。