福山研究中心掌理事項如下：
一、所轄試驗林人工林與天然林之經營管理及研究。
二、臺灣水生植物種原之保種及試驗研究。
三、福山試驗林之資源調查、研究、保育、復育、監測及推廣。
四、哈盆自然保留區之經營管理與生態及生物多樣性之研究。
五、福山植物園之經營管理、環境教育與植物種原之保育、遺傳、復育及繁殖研究。
六、所轄試驗林之林產物處分及林地管理。
七、其他有關福山試驗林研究事項。