森林保護組掌理事項如下：
一、森林有害生物防治及病害、蟲害、獸害之研究。
二、森林保護、健康管理之研究及推廣。
三、林木疫情中心、樹木醫學中心及森林昆蟲標本館之經營管理。
四、森林微生物、食藥用菌類、昆蟲及野生動物之研究。
五、都市林及森林災害之研究。
六、其他有關森林保護研究事項。