森林生態組掌理事項如下：
一、植物分類、植群及植物生態之研究。
二、環境教育、民族植物與森林療癒之研究及推廣。
三、國家植物園、植物標本館與國家林木種原庫之經營管理及研究。
四、植物域內與域外保育、植物園策展及景觀規劃之研究。
五、森林集水區氣象、水文循環及水化學之研究。
六、森林集水區之水土資源保育、林道維護及防災研究。
七、森林動態及植生復育技術之研究。
八、其他有關森林生態研究事項。