畜產輔導系掌理事項如下：
一、地區性畜牧產業技術之研發及輔導推廣。
二、友善環境飼養畜禽管理模式之研發及輔導。
三、地區性芻料生產技術與農牧綜合經營模式之研發及輔導推廣。
四、畜禽之保種及異地繁殖。
五、地區性牧場評鑑及天然災害畜產業之輔導重建。
六、其他有關地區性畜牧產業技術研發及輔導推廣事項。