本條例第十五條所定集水區經營管理之整體規劃與農業工程及公共設施興建及維護之協調推動，依下列規定辦理：
一、在直轄市、縣（市）行政區域內者，由該直轄市或縣（市）主管機關辦理。但規模龐大，非直轄市、縣（市）主管機關所能辦理者，由中央主管機關辦理。
二、跨越二直轄市、縣（市）以上行政區域者，由中央主管機關辦理。

前項集水區經營管理之整體規劃，主管機關應會同有關機關辦理之。