認證機構應與驗證機構約定，驗證機構有下列各款情形之一者，認證機構應終止全部或減列其部分之驗證業務類別：
一、喪失認證基準所定辦理其驗證業務類別內所有或部分驗證業務所需之能力。
二、未能依其驗證業務類別相關規定辦理驗證業務，且情節重大。
三、經營認證之驗證業務類別或驗證方式以外之驗證業務，且情節重大。
四、未依規定保存資料，規避、妨礙、拒絕中央主管機關之查核，或提供不實之驗證紀錄或相關資料文件，且情節重大。
五、未能依本法第十條第二項所定辦法，管理經其驗證者使用農產品標章，且情節重大。
六、其他經認證機構評鑑結果，認有不符合認證基準之情形，且情節重大。

認證機構應與驗證機構約定，驗證機構有下列各款情形之一者，認證機構得終止全部或減列其部分之驗證業務類別：
一、未能依認證基準維持組織運作及立場公正獨立。
二、經其驗證者有未符合依本法第四條所定驗證基準且情節重大，未能有效處理。