不符合本法規定之肥料，業者應依主管機關規定之期限處理，其處理方式如下：
一、未具肥料登記證者，應補辦登記。
二、未包裝及標示，或標示不明、不全、不實者，應重新包裝及標示，或更正標示。
三、可改製使用或作其他用途者，向當地直轄市或縣（市）主管機關提出改製計畫，經轉報中央主管機關核可後改製之；無使用價值者，廢棄或銷燬之，並應依廢棄物清理相關法令辦理。

肥料業者應在規定處理期限屆滿後七日內，將處理情形報主管機關備查。