本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以農業部（以下簡稱本部）為管理機關，下設下列三個基金，編製附屬單位預算之分預算：
一、種苗改良繁殖作業基金：繁殖供應優良種子、種苗及推展改良作業。以本部種苗改良繁殖場為管理機關。
二、畜產改良作業基金：配合畜產試驗業務，辦理畜禽及飼料作物供應與繁殖改良作業。以本部畜產試驗所為管理機關。
三、農業科技園區作業基金：發展農業科技產業，健全農業科技園區之設施及服務。以本部農業科技園區管理中心為管理機關。