中央主管機關得指定檢查員在船上執行下列任務：
一、檢查我國漁船赴各洋區作業有無遵守我國法令或國際漁業組織之養護管理措施。
二、隨公務船舶執行漁業巡護工作，登臨檢查漁船及攝影（拍照）蒐證並製作登檢紀錄表回傳。
三、向船上人員宣導赴各洋區作業應行遵守及注意事項。
四、國際性生物標識計畫或相關保育合作計畫執行。
五、協助更新（安裝）漁獲回報軟體及訓練船長利用船位回報器（VMS）回報漁獲。
六、其他指定之事項。

檢查員執行前項任務，視為漁航部門工作經歷。