本規則所定隔離設施之分類及應具備之設備如下：
一、密閉式設施：
（一）應以密閉建築、透明玻璃或塑膠材質覆蓋，具高度氣密性。
（二）處理相關排放水、廢棄物、介質及器具等之滅菌或焚化設備。
（三）管制人員進門處設置空氣淋洗、緩衝雙門及更衣室等設備。
二、半密閉式設施：
（一）應以透明玻璃或塑膠材質覆蓋屋頂，四周以玻璃、塑膠材質或以網洞孔隙小於零點六毫米之細網與外界隔離。
（二）對外通氣孔道或窗戶應以網洞孔隙小於零點六毫米之細網與外界隔離。
（三）處理相關排放水、廢棄物、培養介質及器具等之滅菌或焚化設備。
（四）管制人員進門處設置空氣淋洗、緩衝雙門及更衣室等設備。
三、隔離養殖池：
（一）養殖池區四周應以鐵絲網圍籬或圍牆與外界隔離。
（二）養殖池區應具有處理相關排放水、廢棄物、培養介質及器具等之滅菌、焚化或掩埋設備。
（三）養殖池出入口應有人員及車輛出入管制之設施。
（四）設有材料處理室。
（五）設有清洗作業區，供人員及使用後之機具清洗用。
（六）防逃設施應包括排水口應設置防止魚苗或魚卵外流之濾網，養殖池堤岸應高於鄰近地面高程，且具阻絕水產動物之逃逸設施。