有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關得依漁業法第六十五條第八款規定處罰，並得命限期改善，期限屆滿未改善者，並得廢止其許可：
一、未依第四條第二項規定申請變更許可。
二、未依第五條規定於三十日內另行聘僱專業管理人員。
三、因可歸責於經營者之事由，致基因轉殖水產動植物逃逸。
四、未依第九條第二項規定將安置處理情形報直轄市、縣（市）主管機關備查。
五、未依第十三條第一項規定通報或通報內容不實。
六、規避、妨礙或拒絕主管機關依前條規定所為之稽查。

經直轄市、縣（市）主管機關依前項規定廢止許可之日起七日內，經營者應依經營計畫書所定安置處理計畫處理，並將安置處理情形報直轄市、縣（市）主管機關備查。但因情事變更，無法依安置處理計畫處理時，應於廢止日起三日內，報經直轄市、縣（市）主管機關同意依其他方式處理。