本條例施行前，依漁業法規定取得於公海或他國專屬經濟海域作業許可者，於該許可期間視為取得第六條第一項之遠洋漁業作業許可。

本條例施行前，依漁業法規定取得對外漁業合作許可者，於該許可期間視為取得第十二條第一項對外漁業合作之許可。

本條例施行前已從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口之遠洋漁業相關業者，應自第二十五條第四項所定辦法施行之日起二個月內申請核准；屆期未申請或未經核准而從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口者，依第三十八條規定處罰。

本條例施行前，經營者已依漁業法規定核准在境外僱用非我國籍船員者，於本條例施行後視為取得第二十六條第一項在境外僱用非我國籍船員之許可。

本條例自公布後六個月施行。