對外漁業合作漁船於合作期間所捕漁獲物，應依本條例及其相關法規規定，辦理漁獲證明文件之申請及核發。但對外漁業合作漁船依第二條第二款所定方式所捕漁獲物，主管機關不予核發漁獲統計文件、捕撈合法證明書或輸歐盟漁獲證明書。