非我國籍漁船進入我國港口，應於到達港區五個工作日前，由代理人檢附下列文件，向主管機關申請，經審查通過後，發給許可文件。但漁船前一個出港港口距離申請進入港口未達一千六百浬且出港後直航我國港口者，得於到達港區三個工作日前申請：
一、進港申請預報表（格式如附表一）。
二、漁撈、轉載或卸魚作業通報表（格式如附表二）。
三、船舶國籍證書影本。
四、漁業執照或漁撈許可文件影本；漁獲物運搬船檢附漁獲物運送許可證明文件影本。
五、進出港船員名冊（包括姓名、國籍、出生年月日、船上職務、護照或旅行文件編號）及幹部船員有效執業證書影本。
六、漁船之甲板兩船側及船艉相片各三張；照片應為清晰可辨識漁船船名及國際識別編號。
七、前一個出港港口之出港證明。
八、漁獲物運搬船，應另提供下列文件：
（一）可清楚區分各艙間漁獲物種類及數量之漁貨配艙圖及漁獲物轉載明細影本。
（二）漁獲物來源漁船之國籍證書、漁業執照及轉載許可文件影本。
九、經營者非為申請進入我國港口之非我國籍漁船所有人者，應另提供經營權證明文件。

第一項文件為外文者，應檢附國內公證人認證之中文譯本。但文件為英文者，免予檢附。

申請進入基隆港或高雄港者，代理人應於取得第一項許可文件後，向航政主管機關申進進入。

非我國籍漁船有不可抗力因素或緊急危難狀況，需進入基隆港或高雄港者，代理人得先行依商港法相關規定通報申請緊急進港，並應於漁船進港後二十四小時內，補提第一項及第二項規定文件。