申請進入我國港口之非我國籍漁船，其經營者不得有下列情形之一：
一、犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行、執行未畢、緩刑尚未期滿。
二、犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處拘役或罰金確定，尚未執行或執行未畢。
三、依本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
四、該船前經營者依本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
五、涉及強迫勞動或人口販運等情事，經國內司法機關起訴，或經國際組織、外國政府認定。但經無罪判決者或已從國際組織、外國政府通報名單除名者，不在此限。

正濱漁港或前鎮漁港港區泊位不足時，主管機關得不予許可非我國籍漁船申請進入。

申請進入我國港口之非我國籍漁船，經審查符合規定者，且該漁船最近三年內有隨船進港之非我國籍船員或大陸船員行蹤不明紀錄超過二次或一次超過四人，未達第二條第三款所定上限，主管機關許可時得以附款載明違反下列各款規定之一者，主管機關廢止其許可：
一、進港後不得超過十日。
二、進港後超過十日，應於主管機關指定期限內將船上之非我國籍船員或大陸船員遣返其所屬國家或地區。但可保留二人以上，船員人數五分之一以下之非我國籍船員留船。船員人數五分之一計算未滿一人者，以一人計，逾十人者，均以十人計。