申請魚貨來源證明文件者，漁船應通過衛生評鑑。

前項通過衛生評鑑之漁船，由主管機關公告之。

申請魚貨來源證明文件者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、漁船漁撈作業期間魚艙溫度紀錄圖表。
二、第四條第一項第二款之申請人並應檢附可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。

前項申請經審查無誤後，發給魚貨來源證明文件。

有下列情形之一者，不予核發魚貨來源證明文件：
一、申請人不符合第四條第一項規定。
二、第四條第一項第二款之申請人，經主管機關暫停出口資格。
三、有第七條第二款或第三款規定情事之一。
四、申請量超過卸魚或轉載查核量，或港口國卸魚檢查量；未經查核或檢查且已卸魚者，申請量超過實際卸魚量，未卸魚者，申請量超過轉載確認量。
五、漁船不符合第八條第一項規定。
六、申請人前所取得之魚貨來源證明文件，未依第十一條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。

申請人應於魚貨來源證明文件核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附輸出動物產品檢疫證明書影本，向主管機關辦理核銷。