南方黑鮪漁獲監控文件之申請人，以捕撈該南方黑鮪漁獲物之漁船經營者為限；漁獲監控文件格式如附件五。

申請核發南方黑鮪漁獲監控文件，應填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、經鮪魚公會認證之漁船捕獲南方黑鮪通報紀錄表；其格式如附件六。
二、運搬船轉載南方黑鮪魚貨數量明細證明書。
三、鮪魚公會出具漁船繳交轉載確認書所載冷凍鮪旗魚類漁獲數量減船代償金證明文件。
四、漁獲標識表。
五、資料完整打印之南方黑鮪漁獲監控文件三份。

南方黑鮪漁獲物曾經轉載者，漁獲監控文件之轉載欄位應由下列人員確認該轉載，並共同簽署：
一、海上轉載：漁船船長、漁獲物運搬船船長及區域觀察員。
二、港內轉載：漁船船長及漁獲物運搬船船長。

當年度捕獲留艙之南方黑鮪漁獲物，應於次年度十月三十一日前完成轉運，並申請漁獲監控文件。

漁船捕獲之南方黑鮪運返國內銷售，經營者應在申請漁獲監控文件時，向主管機關申報漁獲流向。

南方黑鮪漁獲物有下列情形之一者，除依本條例第三十六條第一項至第四項或第四十一條第一項及第二項核處，並依本條例第四十三條沒入漁獲物外，不予核發南方黑鮪漁獲監控文件：
一、為本條例第十三條第二項公告之非法、未報告及不受規範漁撈作業之漁船所捕撈。
二、漁船漁撈作業期間，有違反本條例第十三條或漁業法第四十八條第一項規定之情事。
三、未經主管機關許可，捕撈南方黑鮪。
四、未依規定申請轉載或卸魚。

依第四十一條規定提出之申請案件經主管機關審查通過者，發給南方黑鮪漁獲監控文件。

南方黑鮪漁獲監控文件之有效期限，自完成卸魚之日起四年。

取得南方黑鮪漁獲監控文件之經營者，應於漁獲物或漁產品完成輸銷通關後六十日內，填具核銷申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：
一、漁獲物輸入國核發之通關資料；漁獲物由國內出口者，應檢附海關出口報單副本。但漁獲物返國銷售者，免附。
二、漁獲物銷售資料影本。

前項申請所附文件，其非以中文或英文記載者，應檢附中文翻譯；未檢附者，主管機關應通知限期補正；屆期不補正者，視為未辦理核銷。

有關南方黑鮪漁獲監控文件之註銷及補發，準用遠洋漁業漁獲證明書核發辦法規定辦理。