經主管機關列為高風險漁船之管理，依本章規定；本章未規定者，依本辦法規定。

高風險漁船，於主管機關通知該船經營者之日起，應遵守下列特別管理措施：
一、不得以漁船出租予他國人方式，進行漁業合作。
二、每航次出港，均應搭載主管機關指派之觀察員隨船或安裝能正常運作之電子觀察設備後，始能出港作業。但已搭載符合國際漁業組織規定之觀察員者，不在此限。
三、依第六章規定進行船位回報。
四、依第七章規定進行漁獲通報。
五、不得進行海上轉載。
六、港內轉載最遲應於預定轉載日前七日填具轉載預報表，向主管機關申請轉載許可。
七、港口卸魚最遲應於預定卸魚日前七日填具卸魚預報表，向主管機關申請卸魚許可。
八、港內轉載或港口卸魚，應有主管機關或公正第三方派員執行查核。

漁船自列為高風險漁船之日起，一年內未有違規情事者，解除高風險漁船管理措施。