經營者申請所屬漁船次年度赴太平洋作業許可者，應依漁船類型及作業組別，分別填具申請書，並檢附下列文件；其申請書格式如附件六至附件九：
一、有效期限內之特定漁業證照影本；該證照影本應有國際海事組織（IMO）船舶識別號碼或勞氏（LR）登記號碼。
二、最近三年內拍攝之漁船彩色照片及其電子檔；漁船照片，應呈現船艏至船艉側身，並能清楚辨識漁船船名及國際識別編號；照片尺寸為六英吋乘以八英吋，英吋解析度至少一百五十畫素（pixels per inch），電子檔大小低於五百千位元組（kilobyte）。
三、經受託專業機構確認漁船之船位回報器可正常回報船位資料之證明文件。
四、經受託專業機構確認漁船之電子漁獲回報系統可正常回報漁獲資料之證明文件。
五、同意主管機關及國際漁業組織取得該船船位之授權書。但前已提供授權者，免附。
六、漁船最近一次進港或出港證明。

經營者依前條規定申請作業許可者，應依下列規定選擇其作業漁區：
一、大目鮪組：大目鮪漁區，得同時申請東大目鮪漁區。
二、長鰭鮪組：長鰭鮪漁區，得同時申請北長鰭鮪漁區。
三、冷凍黃鰭鮪組：中西太平洋漁區，得同時申請南太平洋漁區。
四、季節捕鯊組或一般組：中西太平洋漁區，得同時申請東太平洋漁區、南太平洋漁區；申請東太平洋漁區者，並得同時申請東太劍旗魚漁區。

申請次年度作業許可之漁船，應符合第七條之一規定及下列條件之一：
一、大釣船：
（一）大目鮪組：
（二）長鰭鮪組：
二、小釣船：
（一）冷凍黃鰭鮪組：
（二）季節捕鯊組：
（三）一般組：

申請漁船次年度作業許可者，應檢具第八條規定之文件，依下列程序及期限辦理：
一、大釣船之經營者為台灣區遠洋鮪延繩釣漁船魚類輸出業同業公會（以下簡稱鮪魚公會）會員者，應於當年十月十五日前向鮪魚公會登記，由鮪魚公會依作業組別彙整後，於當年十月三十一日前報送主管機關。
二、大釣船之經營者非為鮪魚公會會員者，應於當年十月三十一日前向主管機關申請。
三、小釣船之經營者為臺灣鮪延繩釣協會（以下簡稱小釣協會）會員者，應於當年十月十五日前向小釣協會登記，由小釣協會依作業組別彙整後，於當年十月三十一日前報送主管機關。
四、小釣船之經營者非為小釣協會會員者，應於當年十月三十一日前向主管機關申請。
五、鰹鮪圍網漁船之經營者，應於當年十月十五日前向臺灣區遠洋鰹鮪圍網漁船魚類輸出業同業公會（以下簡稱圍網公會）登記，由圍網公會於當年十月三十一日前報送主管機關。
六、我國籍運搬船之經營者，應於當年十月三十一日前向主管機關申請。

申請次年度季節捕鯊組作業許可之漁船，依下列順位排定受理順序：
一、第一順位：當年度取得主管機關作業許可之季節捕鯊組漁船。
二、第二順位：中華民國一百零六年以後曾取得主管機關作業許可之季節捕鯊組漁船。
三、第三順位：中華民國一百零六年以後曾取得主管機關作業許可之一般組漁船。

申請赴東大目鮪漁區作業之漁船船數，超過船數限額時，由鮪魚公會以公開公平方式抽籤排定順序。

申請赴北長鰭鮪漁區作業之漁船，鮪魚公會應依下列順位排定優先順序後，報送主管機關：
一、第一順位：取得當年度作業許可之長鰭鮪組漁船，前往北長鰭鮪漁區作業天數七十五天以上。
二、第二順位：取得當年度作業許可之長鰭鮪組漁船，前往北長鰭鮪漁區作業天數未達七十五天。
三、第三順位：取得當年度作業許可之長鰭鮪組漁船，未另取得赴北長鰭鮪漁區作業許可。
四、第四順位：取得當年度赴北長鰭鮪漁區作業許可之長鰭鮪組漁船，未前往該漁區作業。

申請赴東太平洋漁區作業之漁船，小釣協會應依下列順位排定優先順序後，報送主管機關：
一、第一順位：取得當年度赴東太平洋漁區作業許可之漁船，並有作業實績。
二、第二順位：取得當年度作業許可之漁船，未另取得赴東太平洋漁區作業許可。
三、第三順位：取得當年度赴東太平洋漁區作業許可之漁船，未前往該漁區作業。

第一項或前二項申請漁船船數超過船數限額，且不能依各款順位規定排定先後順序時，由主管機關以公開公平方式抽籤排定。

申請赴東太劍旗魚漁區、南太平洋漁區作業之漁船，超過船數限額時，由主管機關以公開公平方式抽籤排定順序。<br />

取得作業許可之漁船船數，未達當年度各作業組別船數限額時，除依前條規定之順位依次遞補外，主管機關得另行公告受理申請，不受第十一條申請期限規定之限制。

已取得作業許可之大目鮪組漁船經營者，得向主管機關申請當年度四月至九月赴北大目鮪漁區作業，不受第十一條申請程序及期限規定之限制。

漁船有下列情形之一者，其經營者得檢具第八條規定之文件，向主管機關申請作業許可，不受第十一條申請程序及期限規定之限制：
一、經營者變更。
二、租用他人漁船並取得漁業證照。
三、新船建造完成後取得漁業證照。
四、依漁業法第十一條規定申請核准休業，休業終了復業。
五、換發漁業證照。
六、經處收回漁業執照處分執行完畢，或罰鍰繳納完畢。
七、取得當年度作業許可之運搬船，申請增加作業洋區。

取得赴東大目鮪漁區、北長鰭鮪漁區、東太平洋漁區、東太劍旗魚漁區或南太平洋漁區作業許可之漁船，其經營者於許可期間內變更者，新經營者依前項規定申請作業許可時，主管機關應許可該船得繼續於當年度赴該漁區作業。<br />

申請作業許可案件經主管機關審查通過者，核發遠洋漁業作業許可證明書，許可期間最長為一年，且不得逾漁業證照有效期限。

遠洋漁業作業許可證明書，應以中英文記載下列事項：
一、證書編號。
二、船名、漁船統一編號、總噸位、漁船全長、漁業種類。
三、經營者姓名或名稱。
四、許可之作業洋區、作業組別、作業漁區、作業期間。
五、國際識別編號。
六、IMO 船舶識別號碼或 LR 登記號碼。

經營者應於漁船上放置有效遠洋漁業作業許可證明書影本，以備檢查。

經營者取得赴北長鰭鮪漁區或東太平洋漁區作業許可，放棄前往該漁區作業者，應於當年八月一日前，向主管機關申請廢止該漁區之作業許可。

漁船互換作業洋區或作業組別，應申請主管機關許可。

大釣船與其他漁船互換作業洋區或作業組別，應符合下列規定：
一、二船之經營者均為鮪魚公會會員。
二、二船均有遠洋漁業作業許可證明書，且在有效期限內。
三、轉換為大目鮪組之漁船，應具備超低溫冷凍設施，其經營者並切結願意承受原大目鮪組漁船償還減船代償金義務。
四、無收回漁業證照處分尚未執行完畢之情事。

小釣船與其他漁船互換作業洋區或作業組別，應符合下列規定：
一、太平洋冷凍黃鰭鮪組與印度洋冷凍黃鰭鮪組漁船互換。
二、太平洋一般組或季節捕鯊組與印度洋一般組漁船互換。

漁船經許可互換作業洋區或作業組別者，應提具足資證明已清空漁艙漁獲物之文件，並繳回原申領之遠洋漁業作業許可證明書，始核發互換洋區或組別後之遠洋漁業作業許可證明書。

互換作業漁區或作業組別者，當年度不予許可東大目鮪漁區、北長鰭鮪漁區、東太平洋漁區及東太劍旗魚漁區之作業資格。但互換之漁船經營者相同，或當年度已無遞補之申請者時，不在此限。