秋刀魚漁船出港後，船長應每日透過經主管機關指定之電子漁獲回報系統回報漁獲資料，並每日填寫經主管機關指定之漁撈日誌；漁獲回報及填寫內容應詳實正確；無漁獲者，亦應回報及填寫。

電子漁獲回報系統與漁撈日誌記載之漁獲資料不一致時，以電子漁獲回報系統為準。

電子漁獲回報系統當日未能成功回報，經營者或船長應於次日傳真回報漁獲資料予主管機關或受託專業機構；其漁獲資料，應經經營者或船長簽名。

電子漁獲回報系統連續三日未能成功回報，視為電子漁獲回報系統故障時，應在三十日內修復。

漁船電子漁獲回報系統，當航次故障累積十五日以上者，主管機關得命令漁船立即停止作業，限期直航返回指定港口修復電子漁獲回報系統，並接受主管機關派員檢查，且電子漁獲回報系統經受託專業機構確認可正常回報資料，始得出港。

前項漁船返航、進港、電子漁獲回報確認等費用，由經營者負擔。

秋刀魚漁船意外捕獲鮭鱒魚、海龜、海鳥、鯨鯊、鯨豚、企鵝或主管機關公告之禁捕物種時，活體應釋放，屍體應丟棄，並應於漁撈日誌及電子漁獲回報系統記載釋放或丟棄物種之個體數目。

秋刀魚漁船捕獲之漁獲，除秋刀魚應全數保留，不得丟棄外，其餘無經濟價值或無使用價值之非秋刀魚魚種，應即丟棄，並將丟棄數量記載於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。

秋刀魚漁船漁獲物因腐壞需丟棄者，應於丟棄前通知主管機關丟棄之魚種數量及捕撈期間，並於丟棄後提供佐證資料以供查驗。

前項漁船丟棄之漁獲物屬配額限制魚種者，其丟棄數量仍應計算為配額使用量。<br />

秋刀魚漁船意外捕獲鯊魚，其魚鰭處理應保有未完全割離之鯊魚鰭自然連附於鯊魚身，並應於漁撈日誌及電子漁撈日誌記載捕獲種類及數量。

電子漁獲回報提報後，其內容顯有錯誤，並經主管機關同意者，得予更正。

秋刀魚漁船單一航次電子漁獲回報與實際卸魚量之差值，應符合下列規定：
一、配額限制魚種：不得超過實際卸魚量之百分之十。
二、前款以外之魚種：不得超過實際卸魚量之百分之二十五。

差值超過前項規定比率，而符合下列規定者，得視為電子漁獲回報與實際卸魚量相符：
一、配額限制魚種：差值未逾二公噸。
二、前款以外之魚種：差值未逾六公噸。

有下列情形之一者，為本條例第十三條第一項第十二款所稱之嚴重不實：
一、配額限制魚種：電子漁獲回報與實際卸魚量之差值超過二公噸，且超過實際卸魚量之百分之二十。
二、前款以外之魚種：電子漁獲回報與實際卸魚量之差值超過六公噸，且超過實際卸魚量之百分之五十。

秋刀魚漁船將漁獲物轉載至加工船或加工船附屬運搬船之轉載確認量，視為實際卸魚量。<br />