經中央主管機關指派觀察員隨船者，該漁船船長應遵行下列事項：
一、於觀察員登船時，向觀察員說明漁船之作息方式、安全維護及漁船設施，並將觀察員上船執行任務之事實，通報全船人員知悉。
二、提供並協助觀察員獨立使用衛星電話或單邊帶無線電話（SSB）等通訊設備。
三、應配合及協助觀察員執行任務，就有關觀察任務事項所為之詢問，不得規避、妨礙或拒絕。
四、不得干擾、威脅或行賄觀察員。
五、提供觀察員船上生活與執行任務所需之空間、設備及資料。
六、要求船員應遵守前三款規定。
七、簽署觀察員作成之紀錄；對紀錄內容有不同意見時，得註記其意見。
八、確保觀察員安全，漁船遇有緊急危難時，應予特別照護及給予避難協助。