申請畜牧場登記，應填具申請書，並檢附經環境保護主管機關審查核准之污染防治措施計畫，報請所在地直轄市或縣（市）主管機關核辦。

經取得畜牧設施容許使用之畜牧場，應於一年內完成建場。但有正當理由無法如期完成者，得報請所在地直轄市或縣（市）主管機關核准延長；畜牧場並應於建場完成後三個月內，報請所在地直轄市或縣（市）主管機關勘查。主管機關應自收件之日起一個月內，會同環境保護主管機關勘查，合格者發給畜牧場登記證書，並副知中央主管機關及中央環境保護主管機關。