設置共同清除、處理機構者應檢具下列文件向所在地直轄市、縣（市）政府（以下簡稱地方政府）申請核發機構許可設置文件後始得設置：
一、申請書。
二、投資人名冊。
三、清除、處理設施用地之使用權相關證明文件。
四、營運管理計畫說明書。
五、清除、處理設施或工具之規格、功能、數量說明書。
六、工程計畫說明書，但申請清除機構者免附。
七、污染防治計畫書。
八、農業廢棄物清除、處理及其最終處置方式。
九、其他由中央農業主管機關指定之文件。

共同清除、處理機構取得前項地方政府核發之許可設置文件後應於一年內完成設置，但必要時得經地方政府同意展延一次，展延期限最長以一年為限。