共同清除、處理機構設置完成後，應於三個月內檢具下列文件向所在之地方政府申請營運許可證；地方政府擬具審查意見後，轉請中央農業主管機關核發之：
一、申請書。
二、登記證明文件。
三、技術員資格證明文件。
四、清除、處理設施或清運工具清冊（含車籍資料）。
五、設施完工證明文件，但申請清除機構者免附。
六、污染防治監測計畫書。
七、營運管理計畫書。
八、農業廢棄物清除、處理及其最終處置去處證明文件。
九、其他由中央農業主管機關指定之文件。