農業金庫對於信用部業務輔導，在於促進其健全經營，適時輔導及建立各項經營管理制度、改進業務缺失，落實金融評估及績效評鑑制度，藉由農業金融體系垂直整合，提昇整體競爭力，以充裕農業資金並保障存款人權益。