要保人投保本保險時應委任保險人代為向主管機關申請保險費補助，其補助作業程序如下：
一、保險人應於承保次月十五日前，將申請案登入家畜保險資訊管理系統彙整造冊，送主管機關申請補助。
二、經審核符合規定者，主管機關應於清冊送達翌日起三個月內核撥補助款予財團法人農業保險基金（以下簡稱農險基金），以充抵保險費。

要保人投保本保險經核保後，主管機關得依第四條附表補助其保險費，並編列預算補助之。