園區事業及金融機構申報繳納管理費之程序、期限及應檢具之相關證明文件資料如下：
一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局申報並向所指定之銀行繳納管理費。
二、已於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時，應檢具下列文件送交管理局：
（一）管理費自動申報明細表。
（二）經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。
（三）抵扣項目憑證。
（四）農業科技園區園區事業免用統一發票收據明細表，並應將收據合計數填報於營業人銷售額與稅額申報書相關欄位。
（五）園區事業以總、分支機構分設於園區內外，其由總機構合併向所屬當地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額者，另應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報營業人銷售額與稅額申報書，管理局並得洽請其提供進出口報單、出貨證明、銷貨訂單，或其他經管理局同意足資證明其營業額之文件。
三、未於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表。
四、金融機構繳納管理費時，應檢具下列文件送交管理局，由管理局開具管理費繳款聯單，向管理局指定之銀行繳納。繳款後將繳款聯單查核聯交回管理局。但採銀行自動扣款者，免附：
（一）管理費自動申報明細表。
（二）經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。
五、園區事業及金融機構應妥為保管繳款單據，以作為繳納管理費之證明。

依前項第二款及第三款規定所報送之管理費自動申報明細表，應依管理局建置之管理費申報系統，上網申辦。

園區事業及金融機構繳納管理費後，經管理局審查發現有短繳情形者，應於次期繳納管理費時併計繳納。如向主管稽徵機關更正前期申報之銷售額者，依更正日期所屬月份，併入該期管理費自動申報明細表調整前期管理費。