園區事業於撤銷或廢止進駐核准、解散或遷出區外前，應依下列規定辦理結束盤存：
一、園區事業應向管理局、海關及稅捐機關洽訂或由海關逕予訂定盤存日期，並得會同管理局辦理盤存。
二、海關及管理局應視實際情形將保稅貨品封存於該園區事業內，或管理局指定之地點。
三、盤存之保稅貨品，應由園區事業繕具報單補繳稅捐。其盤存數少於帳面結存數者，應依前條第一項第一款規定辦理補稅。
四、園區事業所有保稅貨品，非經補稅不得輸往課稅區，如因生產或外銷之需要，得由園區事業提供相當之保證金，經海關核准後提領使用，並應於提領之翌日起一年內檢附出口證明文件向海關辦理銷案，逾期未銷案者，由海關就保證金抵繳應納稅捐。
五、園區事業宣告破產者，應依破產法及其相關規定辦理。

經撤銷或廢止進駐核准、解散、遷出區外或營運不善破產而清算之園區事業，因故無法辦理結束盤存時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐；其生產性貨品攜運出區，得由管理人或貨品所有權人自行簽發生產性貨品出區證明單，送請海關查驗及補稅無誤後核准放行出區。