本條例第二十九條第一項所定正當理由，指下列情形之一並有確切證據者：
一、遭受地震、風災、水災、旱災、疫病蟲害及戰禍或其他不可抗力之災害損失及運輸事故損失。
二、竊盜損失。
三、盤存之原料、樣品、在製品、半製品及成品，其未經抽查之項目，事後發現錯誤經更正。
四、經盤存之保稅原料、樣品、在製品、半製品及成品，其實際盤存數量與帳面續存數量不符。
五、生產過程中所產生之損耗未逾海關核定之損耗率。
六、送請檢驗所發生之損耗。
七、因研究發展所發生之損耗。
八、其他因產品特性所發生之損耗。