主管機關依本法第四十五條為農會整理時，依下列規定辦理：
一、由主管機關指定具有理事、監事候選人資格之會員五人至九人為整理委員，其中一人得為贊助會員，組織整理委員會，代行會員代表、理事、監事之職權，負責整理。整理委員因故出缺或不能勝任者，主管機關得廢止其指定，並另行指定之。
二、農會原任理事、監事不得為整理委員。
三、整理委員應互推一人為主任委員，為農會整理期間法定代理人。
四、農會整理期間對外行文，以農會整理委員會主任委員名義行之。
五、農會整理時，應由原任理事長、總幹事辦理移交，並由整理委員會盤點接收。整理委員會得指定具有總幹事候聘人資格者一人為執行秘書，其職責準用第二十七條之規定。原有聘、雇人員除得擇優留任外，一律解聘、僱。
六、農會整理期以一年為限，必要時得由主管機關延長之。整理完成，由整理委員會辦理改選會員代表，召開會員（代表）大會，改選理事、監事，重新組織理事會、監事會補足原屆任期，並將整理及改選結果，層報中央主管機關備查。整理委員會於理事會、監事會成立後解散之。其無法如期完成整理者，得依本法第七條第一項但書或第四十三條規定辦理。

主管機關為監督農會財務處理及財產管理，得派員檢查農會財務報告及其他有關資料。

主管機關為前項檢查時，得視需要聘請會計師、律師或其他專業人員協助辦理。

主管機關依本法所為停止職權或解除職務之處分，自送達相對人起，依送達之內容對其發生效力。